新生儿败血症最易并发化脓性脑膜炎，有时神经系统症状并不明显，但已并发此症。因此要提高警惕，及早作脑脊液检查。其次易发生的并发症是肺炎或肺脓肿，出现呼吸系统症状。其他迁移性病灶如蜂窝组织炎、骨髓炎和肾盂肾炎也偶可发生。